而在這一次將近八十天的會期中，除了確定精簡省府組織外，行政院和立法院間的關係，更是做了重大調整，雖然取消了立法院對閣揆的同意權，但也增加了行政院對立院的解散權，以及立法院將可以提出不信任案的配套設計。

兩個月又十八天的會期，就在這樣高層不斷安撫，基層談了又談，會期延了又延，詭譎多變的氣氛下，總算結束了，這次號稱是憲政史上最大一次的修憲工程，首先在總統的職權上，任命官員時，行政院長的副署權被取消了，不過，卻賦予了行政院長，在立法院提出不信任案時，可以同時呈請總統解散立法院，而相對於行政院的解散權，立法院也將可以對行政院長，提出不信任案，但閣揆同意權，卻遭到取消，另外，在總統犯外患內亂罪時，將可以進行彈劾，而向來被視為立委法律保護傘的憲法七十四條中，非經立院許可，不得逮捕的條文也被修正為僅限於會期中。

此外，在這次的修正條文中，今後司法院正副院長都將具有大法官的身分，而大法官的任期也規定為八年，不得連任。至於在最受爭議的精簡省府組織上，省長及省議員選舉都將停止，任期到明年的十二月二十號為止，而未來省府將採委員制，並設省咨議會，省主席及省諮議員，都將由行政院長提請總統任命。