在省府組織精簡確定後，高雄港行政管理權，已經成為中央和地方之間新的角力戰場，高雄市長吳敦義上午強調，市港合一是市政府長年來推動的目標，並獲得李總統登輝先生的支持，交通部執意要收回接管，他百思不解，不以為然。

在傳出交通部有意將高雄港的所有權歸屬中央，吳敦義則認為萬萬不可，市．港分則兩害，合則兩利，一旦高雄市在獲得高雄港的行政管理權後，也會相當的尊重中央政府。

高雄港務局在省府組織精簡確定前，早已就民營化的發展，做出妥善的規劃，並決定從今年年底起，陸續開放棧阜和港灣的業務，預計在八十九年可以達到全面民營化的目標。

由於高雄港是世界第三大貨櫃港口，中央和地方都有意收回管理權的地位，而究竟高雄港何去何從，則有待進一步的觀察。