南部地區豪雨成災，行政院長連戰上午表示，許多災區排水不良，積水不能宣洩，地方政府應該確實負起責任。對於連院長的說法，由民進黨執政的台南縣及高雄縣政府，則不以為然。民進黨主席許信良更表示，不應將問題泛政治化。行政院長連戰認為，南部水患的原因，像是阿公店溪整治，土庫排水等工程進度落後，地方政府應負起責任。連戰要求地方政府立刻排除民眾不合理的抗爭，儘速完成都市計劃審議程序, 以利施工.這次水患，也使我國正在發展的台南科學工業園區一片汪洋，連院長要求相關單位，切實檢討各項系統規劃的情形。

對於國民黨方面的批評，民進黨執政的台南縣和高雄縣，倒是有不太相同的看法民進黨主席許信良和高雄縣政府則認為不要將水災問題泛政治化縣府下午和省水利處及岡山嘉興里代表，共同商討後續須六十二億經費，另外增建水閘和抽水站的地點，不過，代表的建議地點和水利處的規劃有所爭執，最後是兩案並陳，再做商討。