香港回歸之後，滯留在台灣的香港人士，將因為護照失效而面臨非法居留問題。我方已經初步決定，要特別設置一個港澳居民收容處所，負責收容七月一號以後非法入境的香港居民。

香港在七月一號之後正式回歸大陸，而原來的香港護照也將在七月一號之後失效，使得以後香港人如果非法入境，將視為偷渡；如果逾期居留則必須強制遣送。

入出境管理局決定將在新竹大陸人民處理中心之外，再增設港澳居民留置中心。由於事關敏感，入出境管理局相當低調處理，目前還沒正式掛牌運作。

另外收容在處理中心的劫機犯黃樹剛、韓鳳英等人，在台灣都已經服刑完畢。由於海協會與海基會有相當默契的前提下，未來在台灣服刑完畢的劫機犯一旦遣返大陸，不會被判刑入獄。如果中共進一步允諾“一罪不兩罰“的人道原則，劫機犯將在七月一號以前遣送回大陸。