從馬英九辭職到內閣改組也引發了地方議會的連鎖效應，台北市議員秦慧珠今天發表給國民黨李登輝主席的一封公開信，質疑李主席和台北市長陳水扁過從甚密，李主席甚至經常誇獎陳水扁，造成基層將來也不知為誰而戰。收到信之後，總統府立刻澄清說，李總統對馬英九的肯定，其實多過於談論陳水扁，希望基層黨員不要誤會。

市議員秦慧珠的這封公開信是直接傳真到總統府，信中直言多位黨性不堅的國民黨員早已和民進黨眉來眼去。李主席甚至經常誇讚陳水扁在北市的政績，陳水扁也以李主席請吃飯來炫耀，馬英九辭官棄選後，國民黨在北市已找不出實力派人士。讓基層也不知道將為誰而戰。總統府在收到秦慧珠的信件後，立刻由公共事務室回應表示，上一次的飯局是陳水扁主動提出。

台北市長陳水扁也刻意劃清界線表示市政受肯定是全體市民的功勞。

在傍晚國民黨中央也針對秦慧珠的公開信提出回應。

對市議會黨團提出的建議，國民黨也會逐項研究。