馬英九請辭事件為下屆台北市長選舉投下巨大變數，積極尋求連任的台北市長陳水扁獲悉後卻平靜地表示他最大的競爭對手不是姓“馬“的，而是姓“陳“的，也就是他自己。陳水扁說馬英九從來沒有正式表態參選台北市長，但是旁人極力炒作，反而害了他。