國內豬隻口蹄疫大規模流行，經證實病毒的原型，不只一種，不僅有O（歐） 型，還有亞洲型。消息傳出後，下毒說等陰謀論紛紛出籠。不過，根據台灣省家畜衛生試驗所表示：同時擁有多型口蹄疫病毒的情況，在亞洲鄰近國家相當普遍，實在不必有過多揣測。

位於淡水的台灣省家畜衛生試驗所，是這次國內對抗口蹄疫的指揮所，而裡面的豬疫研究中心，則可算是總樞紐，經過連日來過濾一百四十六個檢體並送往英國複檢，確定其中有一百四十二個是歐型病毒，四個則是畫面所見，下有橫槓的是亞洲型病毒，這兩種病毒只對試劑有不同反應，形狀完全沒有差別。甚至有一頭豬上被強烈懷疑同時有兩種病毒。對於病毒出現不同種類，試驗所表示這和流型感冒一樣，不值得大驚小怪。農委會也沒有因此懷疑是有人故意下毒。

試驗所及農委會都強調，不管病毒種類如何變化，疫苗都一樣有效。