為了防止口蹄疫疫情擴大，目前農政單位已經展開大規模撲殺和掩埋工作。不過，根據一位參與日本口蹄疫防治的專家表示，現行的掩埋方式隱藏危機，因為病死豬沒消毒就掩埋，反而會擴大感染。

像這樣將病豬撲殺後直接丟入沙坑的掩埋方式，在專家眼中，不是防疫，而是埋下大規模感染的隱憂。

曾經參與日本和大陸口蹄疫防治的專家傅秉三，憂心忡忡的表示，口蹄疫病毒有兩百多種，在未確定國內這次感染的病毒之前，就以鹼性藥水消毒，恐怕會帶來無法彌補的後遺症。

如果在不當消毒下，真的演變為本土型病毒，就會隨著季節變化而不斷復發，到時候，可就不是三兩年可以防治的了了。由此看來，沒有正確的防疫措施，反而是為疫情埋下不定時炸彈，農政單位實在得加把勁了。