風景秀麗的日月潭風景區，卻出現警訊，根據南投縣環保局、一項調查資料顯示，日月潭的水質、正逐漸出現優養化的現象，雖然縣政府已經開始規劃污水處理廠、並且取締湖面上的非法船屋，但是在事權不統一的情況下，誰也不敢保證、能長久維持日月潭的美貌南投縣環保局委託中興大學進行長達一年的河川水質調查報告，結果發現南投縣境內許多河川都遭到污染，連一向以水質優良和風景秀麗著稱的日月潭和萬大水庫，目前也出現警訊，由於潭邊的民宅和餐飲店直接將污水流入湖中，使得湖水中的氮、磷等礦物質含量明顯偏高，造成水質有逐漸優養化的現象。

針對這種現象，日月潭風景區管理所表示，在環保署的評鑑中，日月潭的水質仍然優於其他各水庫，不過目前日月潭和萬大水庫周邊沒有一座獨立的污水處理廠，的確給日月潭的發展帶來隱憂，縣政府等單位正在設法解決另外湖面上大量違建的船屋，也直接對湖水造成污染，管理所在人力和經費有限的情況下，拆不勝拆，甚至還有員工受到暴力威脅，而湖邊的道路和山坡地又分別屬於省公路局和林務局管轄，事權不統一也造成管理的困難，同時管理所曾經提議，將日月潭提升為國家級風景區，又遭到南投縣議會反對，鄭肇家無奈的表示，這些問題不趕快解決，再過幾年日月潭真的就會乏人問津了。