雲林縣北港朝天宮在七十七年間，就率先與大陸湄洲媽祖廟、締結為至親，旦這次湄洲媽祖元始金身來台，朝天宮卻一點都沒有參與，其實，地方上了解媽祖信仰的人士，提出許多質疑，他們認為，媽祖成道才一千零九年，而元代開朝至今，只有七百多年，何來千年元代媽祖石雕？而文革時期，大陸的媽祖廟及神像都被破壞殆盡，又何來元始金身？另外，以前的神像多為小尊的布製軟身神像，元始金身媽祖神像、卻有兩公尺高。種種問題，都有待釐清，所以朝天宮方面希望這次活動，不要摻雜其他政治因素。

至於陸委會方面，也將這項活動，視為純粹的民間宗教活動。

由於過去我文物放洋，曾遇中共阻撓，揚言假扣押，如今百年古物來台，我們要如何看待呢？教育部得傷腦筋。所以一百天的活動期間，教育部還要與內政部、文建會協商因應之道。