香港政府經濟司葉樹坤表示，他擔心如果台灣高雄港與大陸廈門和福州港定點直航之後，香港將會失去一百萬個貨櫃的經營量，這是港府官員首次對兩岸通航的影響表示憂慮。不過，香港船東協會主席趙世光則表示，長期來看，兩岸定點直航對香港有好處。

港府經濟司葉樹坤說，如果高雄港與廈門和福州港開航，香港將會失去一百萬個貨櫃的經營量，佔香港整體貨櫃量的百分之八。但他強調，這只是一個預估數字，實際受影響的貨櫃數量，要等港府今年三月進行有關研究評估後才能知道，他說，港府將會密切注意兩岸通航對香港轉口地位的影響。

另外，香港船東協會主席趙世光則表示，長期來看，兩岸定點直航對香港有好處，只要大陸開放改革成功，對大家都是有利的。但部份香港航運人士還是憂心，未來一旦兩岸通航港口增加，勢必會對香港轉運港地位造成衝擊。